Software Carpentry: Jagiellonian University

Jagiellonian University

Feb 21-22, 2015

9:30 - 17:30

Instructors: Paulina Lach, Leszek Tarkowski, Piotr Banaszkiewicz, Klemens Noga

Helpers: Iwona Grelowska, Marcin Klimek, Jakub Kruczek, Tomasz Jonak

Informacje ogólne

Warsztaty Software Carpentry pomagają naukowcom i inżynierom rozwijać ich umiejętności programistyczne, dzięki którym są oni bardziej produktywni w swojej codziennej pracy. W czasie dwudniowych warsztatów uczestnicy zachęcani są by pracować razem i stosować umiejętności zdobyte podczas szkolenia do rozwiązywania własnych problemów badawczych. Warsztaty Software Carpentry odbywają się na całym świecie od ponad 5 lat i cieszą się ogromną popularnością.

Dla kogo: Warsztaty są skierowane dla osób zajmujących się zawodowo lub zainteresowanych nauką oraz przedmiotami inżynieryjnymi. We wszystkich tych dziedzinach informatyzacja jest powszechna i znajomość zagadnień związanych z programowaniem jest koniecznością. Warsztaty Software Carpentry nastawione są na ćwiczenia praktyczne, podczas których uczestnicy uczą się jak pracować z linią komend (środowisko Unix), kontrolą wersji (Git i GitHub) oraz poznają podstawy dobrych praktyk programistycznych z użyciem języka Python i baz danych z SQL.

Miejsce: Auditorium Maximum, ul. Krupnicza 33, Kraków. Sala Konferencyjna, poziom II.
Zobacz na OpenStreetMap lub Google Maps.

Warsztaty współorganizują

Wymagania: Warsztaty przeznaczone są dla osób początkujących. Podstawowa znajomość zagadnień związanych z programowaniem (zmienne, pętle, warunki itd.) będzie pomocna, ale nie jest wymagana.

Uczestnicy proszeni są o przyniesienie na warsztaty własnych laptopów. Konieczne będzie skonfigurowanie ich przed warsztatami, zgodnie z podanymi poniżej instrukcjami.

Warsztaty odbywać się będą po polsku, ale wszystkie materiały (włącznie z instrukcjami, jak skonfigurować laptopy) są w języku angielskim.
Wszyscy uczestnicy zobowiązani są przestrzegać Software Carpentry Code of Conduct. W skrócie, prosimy odnosić się do siebie nawzajem z szacunkiem, kulturalnie i uprzejmie.

Rejestracja

Prosimy rejestrować się przez Eventbrite. Uczestnictwo w warsztatach jest bezpłatne. Pewna pula miejsc zarezerwowana jest dla doktorantów Uniwersytetu Jagiellońskiego

Kontakt: Wszelkie pytania prosimy kierować na adres klemens.noga@cyfronet.pl, leszek.tarkowski@gmail.com.

Plan

Dzień 1 - sobota, 21 lutego 2015

09:30	Powitanie. Pomoc przy konfiguracji laptopów.
10:00	Praca z linią komend
11:00	Przerwa
11:15	Praca z linią komend - ciąg dalszy
13:00	Przerwa na obiad
14:30	Programowanie z użyciem Pythona
16:00	Przerwa
16:15	Programowanie z użyciem Pythona - ciąg dalszy
17:15	Podsumowanie dnia i zakończenie

Dzień 2 - niedziela, 22 lutego 2015

09:30	Powitanie i poranna rozgrzewka
09:40	Kontrola wersji z użyciem Gita
11:00	Przerwa
11:15	Kontrola wersji z użyciem Gita - ciąg dalszy
13:00	Przerwa na obiad
14:30	Kontrola wersji z użyciem Gita i GitHub
15:30	Przerwa
15:45	Wprowadzenie do pracy z danymi z użyciem SQL
17:15	Podsumowanie warsztatów i zakończenie

Etherpad: https://etherpad.mozilla.org/2015-02-21-Krakow.
W trakcie warsztatów będziemy używać tego Etherpada do pisania notatek, komunikacji oraz współdzielenia odnośników i fragmentów kodu.

Syllabus

The Unix Shell

Files and directories
History and tab completion
Pipes and redirection
Looping over files
Creating and running shell scripts
Finding things
Reference...

Lessons

Version Control with Git

Creating a repository
Recording changes to files: add, commit, ...
Viewing changes: status, diff, ...
Ignoring files
Working on the web: clone, pull, push, ...
Resolving conflicts
Open licenses
Where to host work, and why
Reference...

Lessons

Programming in Python

Using libraries
Working with arrays
Reading and plotting data
Creating and using functions
Loops and conditionals
Defensive programming
Using Python from the command line
Reference...

Lessons

Managing Data with SQL

Reading and sorting data
Filtering with where
Calculating new values on the fly
Handling missing values
Combining values using aggregation
Combining information from multiple tables using join
Creating, modifying, and deleting data
Programming with databases
Reference...

Lessons

Setup

This page has instructions on testing that you have the right software installed.

Text Editor

When you're writing code, it's nice to have a text editor that is optimized for writing code, with features like automatic color-coding of key words. The default text editor on Mac OS X and Linux is usually set to Vim, which is not famous for being intuitive. if you accidentally find yourself stuck in it, try typing the escape key, followed by ':q!' (colon, lower-case 'q', exclamation mark), then hitting Return to return to the shell.

Windows

nano is the editor installed by the Software Carpentry Installer, it is a basic editor integrated into the lesson material.

Notepad++ is a popular free code editor for Windows. Be aware that you must add its installation directory to your system path in order to launch it from the command line (or have other tools like Git launch it for you). Please ask your instructor to help you do this.

Mac OS X

We recommend Text Wrangler or Sublime Text. In a pinch, you can use nano, which should be pre-installed.

Linux

Kate is one option for Linux users. In a pinch, you can use nano, which should be pre-installed.

The Bash Shell

Bash is a commonly-used shell that gives you the power to do simple tasks more quickly.

Windows

Install Git for Windows by download and running the installer. This will provide you with both Git and Bash in the Git Bash program.

Software Carpentry Installer

This installer requires an active internet connection.

After Git Bash:

Download the installer.
Double click on the file to run it.

Information about the SWC Windows Installer, including the source code, can be found at https://github.com/swcarpentry/windows-installer.

Mac OS X

The default shell in all versions of Mac OS X is bash, so no need to install anything. You access bash from the Terminal (found in /Applications/Utilities). You may want to keep Terminal in your dock for this workshop.

Linux

The default shell is usually bash, but if your machine is set up differently you can run it by opening a terminal and typing bash. There is no need to install anything.

Git

Git is a version control system that lets you track who made changes to what when and has options for easily updating a shared or public version of your code on github.com.

Windows

Git should be installed on your computer as part of your Bash install (described above).

Mac OS X

For OS X 10.8 and higher, install Git for Mac by downloading and running the installer. After installing Git, there will not be anything in your /Applications folder, as Git is a command line program. For older versions of OS X (10.5-10.7) use the most recent available installer for your OS available here. Use the Leopard installer for 10.5 and the Snow Leopard installer for 10.6-10.7.

Linux

If Git is not already available on your machine you can try to install it via your distro's package manager. For Debian/Ubuntu run sudo apt-get install git and for Fedora run sudo yum install git.

Python

Python is a popular language for scientific computing, and great for general-purpose programming as well. Installing all of its scientific packages individually can be a bit difficult, so we recommend an all-in-one installer.

Regardless of how you choose to install it, please make sure you install Python version 2.x and not version 3.x (e.g., 2.7 is fine but not 3.4). Python 3 introduced changes that will break some of the code we teach during the workshop.

Windows

Download and install Anaconda.
Download the default Python 2 installer (do not follow the link to version 3). Use all of the defaults for installation except make sure to check Make Anaconda the default Python.

Mac OS X

Download and install Anaconda.
Download the default Python 2 installer (do not follow the link to version 3). Use all of the defaults for installation except make sure to check Make Anaconda the default Python.

Linux

We recommend the all-in-one scientific Python installer Anaconda. (Installation requires using the shell and if you aren't comfortable doing the installation yourself just download the installer and we'll help you at the boot camp.)

Download the installer that matches your operating system and save it in your home folder. Download the default Python 2 installer (do not follow the link to version 3).
Open a terminal window.
Type
```
bash Anaconda-
```
and then press tab. The name of the file you just downloaded should appear.
Press enter. You will follow the text-only prompts. When there is a colon at the bottom of the screen press the down arrow to move down through the text. Type yes and press enter to approve the license. Press enter to approve the default location for the files. Type yes and press enter to prepend Anaconda to your PATH (this makes the Anaconda distribution the default Python).

SQLite

SQL is a specialized programming language used with databases. We use a simple database manager called SQLite in our lessons.

Windows

Download the sqlite3 program and put it in the directory where you are running examples.

Mac OS X

sqlite3 comes pre-installed on Mac OS X.

Linux

sqlite3 comes pre-installed on Linux.

All operating systems - Firefox SQLite Plugin

Instead of using sqlite3 from the command line, you may use this plugin for Firefox instead. To install it:

Start Firefox.
Go to the plugin homepage.
Click the "Add Now" button.
Click "Install Now" on the dialog that appears after the download completes.
Restart Firefox when prompted.
To check that the plugin installed correctly, select "SQLite Manager" from the "Tools" menu.

In newer versions of Firefox, the menu bar isn't always displayed. To make it appear, use the Alt key next to the space bar on your keyboard, or consult the support page from Firefox for additional help.